Фамилия Гибенко звучит на украинский лад, и это первая зацепка. Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике, он указывает на происхождение по отцу: Гибенко — это «сын Гиба» или «маленький Гиб». Такие фамилии массово формировались на Левобережной и Степной Украине в XVII–XVIII веках, когда казацкая старшина и крестьяне переходили от прозвищ к наследственным именованиям.

Корень Гиб- тёмный и неочевидный. В украинских говорах слово «гиба» не имеет ходового значения, поэтому стоит искать в прозвищной основе. Наиболее правдоподобная версия — связь с глаголом «гибати» (гнуть, сгибать). Прозвище Гиб могли дать сутулому, сгорбленному человеку или, наоборот, тому, кто занимался сгибанием чего-то в работе — например, кузнецу, изготавливавшему дуги, или бондарю. В русских говорах «гиба» также означала «изгиб», «кривизна», что укрепляет версию о внешнем признаке или ремесле.

Менее вероятна, но возможна связь с немецкой фамилией Gieb (от личного имени Giebbert) — через переселенцев, осевших на юге Российской империи. Однако для фамилии Гибенко, с типичным украинским суффиксом, эта гипотеза слабая: скорее всего, корень чисто славянский, а немецкое влияние сказалось бы в форме Гибов или Гиберт.

Географически фамилия привязана к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Сумщине, а также к соседним регионам России (Белгородская, Курская области), куда украинцы переселялись в XVIII–XIX веках. Встречаемость невысокая, что говорит о локальном происхождении прозвища, не вышедшего за пределы одного села или волости.

Сословного барьера фамилия не имела: Гибенко мог быть и казаком, и крестьянином, и мещанином. Суффикс -енко в XVII веке ещё не закрепился за знатью, поэтому носители фамилии принадлежали к разным слоям, но с явным перевесом в сторону сельского населения.