Фамилия Гильфонова — женская форма от Гильфонов, и её редкость сразу бросается в глаза. В основе лежит нестандартная модель: суффикс -ов указывает на принадлежность (чей? — сын Гильфона), а само имя или прозвище Гильфон звучит как заимствование. Скорее всего, перед нами адаптация еврейского имени или прозвища, попавшего в русскую среду через идиш или иврит. Корень «гиль» (גיל) на иврите означает «радость», «ликование», а окончание «-фон» может быть искажением немецкого «Fahn» (знамя) или просто фамильным суффиксом. Встречается и версия, что это переосмысление немецкой фамилии Gilf oder Gilfen, но для южнорусских и украинских говоров более характерна передача через «-ов».

Наиболее вероятный путь: в черте оседлости (территории современной Украины, Беларуси, Молдовы) при записи еврейских фамилий в XIX веке писарь мог записать носителя как Гильфон, а его сына — Гильфонов. Суффикс -ов в таком случае — не русский патроним, а канцелярское оформление, типичное для метрик. Фамилия почти не встречается за пределами бывшей черты оседлости: единичные носители зафиксированы в Винницкой и Житомирской областях, а также среди потомков переселенцев в Израиле.

Если отталкиваться от прозвища, то «Гильфон» могло означать человека, связанного с радостным событием (например, родившегося в праздник) или получившего прозвище от названия местечка — хотя топонимов с таким корнем не сохранилось. Спорная, но допустимая версия: искажение фамилии Гильфанд (от немецкого «Gelbfand» — «жёлтое знамя»), но в таком случае было бы Гильфандов, а не Гильфонов. Поэтому вариант с «радостью» (гиль) и русским окончанием остаётся самым простым и правдоподобным.

Сословно фамилия принадлежала мещанам или ремесленникам: дворянских родов Гильфоновых не существовало. Известных носителей в истории нет — фамилия осталась в тени, сохранившись только в семейных преданиях. Её уникальность в том, что она соединила семитский корень со славянским суффиксом, а написание с буквой «о» во втором слоге (вместо ожидаемого «а») закрепилось, скорее всего, из-за ошибки переписчика.