Фамилия Гимеев — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, образованное от диалектного слова. Разбирать её удобнее с суффикса: -ев указывает на русскую патронимическую модель («чей?» — сын Гимея), но само имя Гимея в святцах нет. Значит, перед нами неканоническое, мирское прозвище.

Самая вероятная версия отсылает к тюркским корням, что логично для фамилий, распространённых в Поволжье и на Урале. В башкирском, татарском и казахском языках есть слово «гим» (ҡыйым) или «гимей» — в разных диалектах оно означает «упрямый», «настойчивый» или «кривой, изогнутый». Второе значение могло закрепиться за человеком с характерной осанкой или хромотой. Фамилия Гимеев могла возникнуть в среде крещёных татар или башкир, где тюркское прозвище оформили русским суффиксом.

Есть и более спорная гипотеза — связь с арабским «химма» (усердие, стремление), но она требует цепочки фонетических изменений, которые сложно доказать. В любом случае, основа фамилии — не христианское имя, а бытовое прозвище, которое давали по внешности или характеру. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками из регионов смешанного тюрко-славянского населения, а сама фамилия закрепилась в документах не раньше XVIII — начала XIX века, когда массово фиксировали фамилии у нерусского населения империи.