Фамилия Глазникова образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы мужского варианта Глазников через добавление суффикса -а, указывающего на принадлежность женщине (жена или дочь Глазникова). Мужская же форма восходит к прозвищу или профессиональному именованию Глазник.

Слово «глазник» в русских говорах имело два основных значения. Первое — народный лекарь, знахарь, лечащий глазные болезни. Второе, более прозаическое и распространённое в северных и сибирских диалектах, — человек, который вынимает глаза у забитой рыбы, чаще всего у трески или палтуса, при разделке. Промысел этот был тяжёлым, но массовым, особенно в Поморье. Поэтому велика вероятность, что предок носителей фамилии был рыбаком или рабочим на рыбных промыслах, а не врачом.

Менее вероятна, но возможна связь с прозвищем «Глаз» — так могли назвать наблюдательного, зоркого человека или, наоборот, того, кто постоянно таращится. Фамилии на -ников от таких прозвищ встречаются, но реже, чем от названий профессий. В пользу «рыбной» версии говорит и то, что фамилия Глазников (а значит, и Глазникова) встречается в Архангельской области и на Русском Севере чаще, чем в средней полосе.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду с другими «профессиональными» фамилиями на -ник: Плотников, Мельников, Скорняков. Суффикс -ик в основе указывает на деятеля, то есть Глазник — это человек, который постоянно делает нечто, связанное с глазами. Фамилия недвусмысленная: она прямо говорит о занятии предка, а не о его черте характера или имени.