Фамилия Глистенков — редкий случай, когда за основой стоит не русское, а польское слово. В её основе лежит прозвище Глист, которое восходит к польскому glista — «червяк». Прямое значение здесь не указывает на род занятий, а скорее характеризует человека. Скорее всего, прозвище давали за изворотливость и находчивость — качества, которые в народе сравнивали с поведением червя. Однако не исключено и более прямое толкование: так могли прозвать очень худого, субтильного человека.

Есть и другая, менее очевидная версия происхождения. Она связывает прозвище с литовским глаголом glisti — «становиться липким, клейким». Если принять эту гипотезу, то прозвище Глист могло относиться к ремеслу — например, к кожевеннику или тому, кто работал с клеящими составами. Литва и Польша граничат, и такое заимствование вполне вероятно.

Сама фамилия имеет характерную модель образования. Перед нами не просто суффикс -ов, а цепочка: сначала основа Глист, затем увеличительный или уничижительный суффикс -енк (характерный для украинских и белорусских фамилий), и уже потом русский суффикс -ов. То есть исходная форма — Глистенко, типичная для восточных регионов Речи Посполитой. Когда род переселился в центральную Россию, фамилию русифицировали, добавив -ов. Так Глистенко превратился в Глистенкова.

Географически фамилия тяготеет к югу России и бывшим малороссийским губерниям. Встречается она нечасто, что делает её особенно ценной для тех, кто пытается восстановить историю своего рода: корни, скорее всего, ведут в западнорусские земли, где смешивались польское, литовское и украинское влияние.