Фамилия Гнатченко построена по очень прозрачной и типичной для восточной Украины модели. В её основе лежит имя Гнат — это украинский разговорный вариант канонического крестильного имени Игнатий. Само имя Игнатий происходит от латинского ignis — «огонь», и в более широком смысле его переводят как «огненный» или «неведомый». Святым покровителем считается патриарх Игнатий Константинопольский.

Суффикс «-енко» — ключевой элемент. В украинской ономастике он указывал на прямое родство, чаще всего по отцу. То есть Гнатченко буквально означало «сын Гната» или «маленький Гнат». Такая модель была особенно распространена в среде казачества и крестьянства Левобережной и Поднепровской Украины (территории современных Черниговской, Полтавской, Киевской, Сумской областей). В документах XVII–XVIII веков фамилии на «-енко» нередко ещё не были закреплены окончательно: одного и того же человека могли записать как Гнатченко, Гнатюк или просто Гнатенко, в зависимости от того, кто и как его называл.

Здесь есть одна важная деталь: чередование «и» и отсутствие начальной гласной. В русском полном имени Игнатий первый звук сохраняется, но в украинской народной традиции он часто отпадал, давая форму Гнат. Поэтому фамилия Гнатченко — это не искажение и не ошибка, а точная запись того, как имя звучало в живой речи. Те же процессы мы видим в фамилиях Гнатов, Гнатик, Гнатенко.

Если говорить о социальном контексте, то носители фамилии Гнатченко в XIX веке были преимущественно государственными или помещичьими крестьянами и казаками. В ревизских сказках и исповедных ведомостях эта фамилия встречается в основном в южных уездах Черниговской губернии и в Полтавщине. Дворянских родов с такой фамилией практически нет — это верный признак её простонародного, но не уничижительного происхождения.