Фамилия Гнедины (в мужском варианте Гнедин) образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — с помощью патронимического суффикса -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: Гнедин буквально означал «сын Гнеды» или «человек из рода Гнеды». В основе лежит прозвище Гнеда, которое, скорее всего, происходит от прилагательного «гнедой». В русских говорах гнедым называли коня с тёмно-рыжей шерстью и чёрными гривой и хвостом. Человека с таким прозвищем, вероятно, выделял яркий, медно-рыжий цвет волос — бросающаяся в глаза черта, которая легко закреплялась в бытовом имени.

Менее вероятная, но возможная версия связывает прозвище с другим значением слова «гнедой»: в некоторых диалектах так могли говорить о чём-то жгучем, горячем или даже о человеке с крутым нравом. Однако основная версия — по цвету волос — надёжнее, так как в славянской традиции прозвища по внешности встречаются постоянно.

Интересно, что у фамилии есть «двойники» с той же корневой основой — Гнедов, Гнедков, Гнедой. Но форма Гнедин (с суффиксом -ин) характерна именно для северных и центральных областей России, где патронимы на -ин были особенно распространены. В южнорусских и украинских землях скорее встретилась бы форма Гнеденко или Гнедюк.

Сословная принадлежность первых Гнединых не зафиксирована документально, но по модели фамилии можно предположить, что она сложилась в среде крестьян или посадских людей не позднее XVII века. Дворянские ветви, если они были, появились бы с другим окончанием (например, Гнедовы-могли бы претендовать на герб). В любом случае, фамилия Гнедин — не книжная и не искусственная, а живая, прозвищная, и её носители, скорее всего, были людьми, которых в своём окружении знали по яркой внешней примете.