Фамилия Гнедков происходит от прозвища Гнедкой. В его основе — прилагательное «гнедой», которым в русском языке традиционно обозначают тёмно-рыжий, почти красный окрас лошади. Чаще всего такое прозвище давали человеку с ярко-рыжими волосами — не просто рыжеватому, а именно с насыщенным медно-огненным оттенком. Внешность была самым очевидным и распространённым поводом для подобных прозвищ.

Однако есть и вторая, не менее вероятная версия. Гнедкой могли назвать владельца конюшни или крестьянина, у которого лошади были исключительно гнедой масти. В крестьянском быту, где лошадь была главным помощником, приметный признак всего табуна легко переходил на хозяина. Обе гипотезы рабочие, но первая — про цвет волос — встречается чаще, так как прозвища по внешним данным были самой массовой категорией в русской антропонимии.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе «Гнедк(ой)» добавили патронимический суффикс -ов, который буквально означает «сын Гнедкого». Со временем прозвище забылось, а фамилия закрепилась и передавалась по наследству. С точки зрения словообразования, это типичная русская фамилия, появившаяся не позднее XVII века — именно тогда суффикс -ов стал доминирующим при оформлении родовых имён.

Стоит обратить внимание на редкий вариант написания: в некоторых говорах фамилия могла произноситься как Гнедков с твёрдым [г] и чётким [о] под ударением, но встречается и ударение на последний слог — Гнедков. В современных справочниках ударение фиксированное, но в диалектах возможны колебания.