Фамилия Гнедковский образована от прозвища или имени Гнедко — так в старину называли лошадей гнедой масти (рыжевато-коричневой с чёрным хвостом и гривой), а затем и людей с рыжеватыми волосами. Основа здесь прозрачная: древнерусское прилагательное «гнедой» известно с XII века, и прозвище Гнедой, Гнедко давали либо конюху, либо человеку с характерным цветом волос. Суффикс -овск- указывает на типичную для польской и западнорусской шляхты модель образования фамилий от личных имён или прозвищ с прибавлением -ский. В восточнославянской среде фамилии на -ский чаще встречались у дворян и духовенства, но Гнедковский мог возникнуть и у крестьянина, получившего фамилию по отцу или деду Гнедко.

География фамилии тяготеет к западу: Гнедковские встречаются в Беларуси, на Украине и в восточной Польше. Это неудивительно — суффикс -овский характерен для фамилий, оформленных по польскому образцу, которые в XVI–XVII веках распространились среди православной и униатской шляхты, а затем перешли к мещанам и крестьянам. В России фамилия редка и сосредоточена в областях, граничащих с Беларусью (Смоленская, Брянская). Встречается также вариант Гнедковский с ударением на втором слоге, что может указывать на украинское произношение.

Интересная деталь: в отличие от более частых Гнедовых или Гнедковых, суффикс -ский придаёт фамилии «шляхетский» оттенок. Если Гнедков — это просто «сын Гнедка», то Гнедковский мог означать «владелец Гнедка» или «происходящий от того, кого прозвали Гнедко». В польской ономастике такие фамилии часто давали по названию усадьбы или хутора, но в данном случае основа не топонимическая, а прозвищная, так что перед нами скорее искусственное образование, закрепившееся за одним родом.

Известных носителей фамилии в истории почти нет — это редкая фамилия без громких дворянских родов. В метрических книгах XIX века Гнедковские упоминаются как крестьяне и мещане Минской и Гродненской губерний. Так что основная версия остаётся простой: предок одного из них был рыжеволосым или держал гнедую лошадь, а потомки получили фамилию по польской моде.