Фамилия Гнедкин образована от прозвища Гнедка — так в старину называли человека с рыжеватыми волосами или, реже, с рыжей бородой. В основе лежит прилагательное «гнедой», которое в русском языке традиционно относится к масти лошади: рыжая с чёрным хвостом и гривой. Перенос на человека был естественным — цвет волос служил одной из самых заметных и простых примет для прозвища.

Модель фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын Гнедки. В северных и центральных русских говорах форма Гнедка (с ударением на первый слог) была вполне употребительна как личное прозвище. Похожий ряд составляют фамилии Гнедков, Гнедой, Гнедухин, но Гнедкин встречается реже — в основном в Поволжье и на юге России, где прозвищная модель с суффиксом -ка была особенно распространена.

Встречается и более прозаическая версия: прозвище Гнедка мог получить человек, который держал или любил гнедых лошадей, — например, конюх или ямщик. Однако для крестьянской среды, где лошадь была рабочим инструментом, такое выделение по масти коня скорее относилось к самому человеку, а не к его лошади. Так что наиболее вероятное объяснение — внешность предка.

Сословная принадлежность фамилии не закреплена: Гнедкины могли быть и крестьянами, и мещанами. В документах XVII–XVIII веков встречаются отдельные упоминания крестьян с этим прозвищем в Рязанской и Тамбовской губерниях, но массовой географии фамилия не имела. В советское время она почти не давала известных носителей — осталась в разряде редких, локальных фамилий.