Фамилия Гнеднев — одна из тех, что образована от прозвища по внешнему признаку. В её основе лежит прилагательное «гнедой» — так на Руси называли лошадей тёмно-рыжей, медно-красной масти. Прозвище Гнедень, скорее всего, дали человеку с необычайно насыщенным рыжим цветом волос, который бросался в глаза и запоминался окружающим.

Словообразовательная модель здесь простая и распространённая: к основе прозвища Гнедень добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев. В результате фамилия Гнеднев буквально означает «сын Гнеденя» или «потомок того, кого звали Гнедень». Такая модель характерна для фамилий, возникших в центральных и северных регионах России.

Интересно, что у фамилии Гнеднев есть «родственники» — Гнедов, Гнедков и Гнедухин. Все они восходят к тому же корню «гнед-», но через разные прозвищные формы: Гнед, Гнедко, Гнедуха. Это говорит о том, что прозвище по цвету волос было востребованным в разных говорах и местностях — каждый диалект выбирал свой суффикс для образования именования человека.

Встречается фамилия преимущественно в южнорусских областях, особенно в Воронежской, Курской и Белгородской губерниях. В некоторых случаях прозвище могло быть не столько «цветовым», сколько ироничным — так могли назвать человека с чёрными волосами в насмешку, но эта версия менее правдоподобна, поскольку прямых свидетельств такой традиции в русской ономастике нет.

Фамилия не относится к числу дворянских или старых княжеских — её носителями были в основном крестьяне и однодворцы. В документах XVIII–XIX веков Гнедневы встречаются среди государственных крестьян, что подтверждает народное, «прозвищное» происхождение фамилии.