Фамилия Гненкова — женская форма фамилии Гненков. Сама фамилия редкая и звучит непривычно, но её происхождение укладывается в типичную для русских фамилий схему: в основе лежит прозвище, образованное от диалектного или устаревшего слова.

Корень здесь — «гнен-». Скорее всего, он восходит к глаголу «гнить» или прилагательному «гнилой». В русских говорах «гненой» или «гненный» могли называть человека хилого, болезненного, «гнилого» здоровьем. Прозвище Гненой давали не в обиду, а как констатацию внешности или слабости — в деревнях такие именования были обычным делом.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «гнести» (давить, угнетать). В этом случае Гненой мог быть человеком угрюмым или, наоборот, тем, кто «гнетёт» других, то есть начальник или строгий хозяин. Однако фонетически эта версия слабее: «гнести» дало бы скорее «Гнётов» или «Гнетов», а не «Гненков».

Фамилия образована по стандартной модели: основа Гнен- + суффикс -ов (притяжательный, указывающий на принадлежность к роду Гнена) + окончание -а для женского рода. То есть Гненкова — «дочь (или жена) Гненкова». Суффикс -ов типичен для центральных и северных регионов России.

Встречаемость фамилии низкая. В современных телефонных справочниках и базах данных Гненковы отмечены в основном в Воронежской, Тамбовской и Липецкой областях — то есть в зоне южнорусского наречия, где «г» произносят взрывным, а «е» может звучать как «ё». Это косвенно подтверждает диалектную основу прозвища.

Однокоренные фамилии — Гнилов, Гниденко, Гниляк — встречаются чаще, но все они идут от того же корня со значением нездоровья или порчи. Гненков стоит в этом ряду как более редкий вариант, сохранившийся в локальных говорах.