Фамилия Ганненкова — женская форма от Ганненков, а её основа не столь прозрачна, как кажется. На первый взгляд напрашивается связь с именем Ганна — просторечной формой канонического имени Анна (через «Ганна»), распространённой в южнорусских и украинских говорах. Тогда Ганненков — буквально «сын Ганны», то есть человек, чью мать или бабку звали Ганной. Суффикс -енк- (вместо привычного -ин-) указывает на украинское или белорусское происхождение модели: в этих регионах патронимы на -енко со временем перешли в фамилии, а на русской почве обросли окончанием -ов.

Но есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «ганна» или «ганька» могло быть прозвищем — например, от глагола «ганить» (осуждать, бранить, позорить). В этом случае Ганненков — потомок человека, получившего нелестное прозвище Ганна за сварливый или язвительный нрав. Такие прозвища на Руси нередко закреплялись в фамилиях, и ономасты (в частности, Б. Унбегаун) отмечали, что не всякая «Ганна» восходит к имени святой.

Географически фамилия тяготеет к западу и югу России: Курская, Орловская, Воронежская области, а также Беларусь. Встречается и в старомосковских переписях, но редко. Интересно, что в документах XVIII–XIX веков фамилия могла писаться двояко — Ганненков и Ганенков (с одной «н»), что говорит о колебаниях в произношении и записи. Двойное «нн» в современном варианте — результат книжного влияния, попытки сблизить написание с именем Анна.

Сословно Ганненковы — в основном крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, хотя отдельные представители могли выслужить личное дворянство на военной или гражданской службе. Таким образом, Ганненкова — фамилия, которая с равной вероятностью могла означать и «внучка Анны», и «потомка того, кого прозвали Ганной», и в обоих случаях ведёт к простонародной среде южнорусских земель.