Фамилия Гнездухин — редкий случай в русской ономастике, где за основу взято не имя, не профессия и не внешность, а, скорее всего, прозвище по месту жительства или по характеру. Разберем её по косточкам, чтобы понять, кем мог быть ваш предок.

Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ин. Он указывает на принадлежность: «чей?» — Гнездухин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Гнездуха. Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ с окончанием на -а/-я. Само прозвище Гнездуха — это усечённая форма от «гнездо» с экспрессивным суффиксом -ух(а), который в русских говорах придаёт слову оттенок просторечия, иногда грубоватости или шутливости (сравните: «толстуха», «крикуха», «грязнуха»). То есть Гнездуха — это не «гнездо» само по себе, а человек, которого так окрестили за связь с этим понятием.

Теперь о значении. Тут возможны две основные версии, и обе имеют право на жизнь.

Первая: прозвище по месту. В диалектах «гнездом» называли не только птичье жильё, но и «гнездовье» — глухое, укромное место, где селились звери или люди. Человек, живший в отдалённом хуторе, в лесной чаще или на краю деревни, мог получить прозвище Гнездуха — «живущий в гнезде, отшельник». Это объясняет и суффикс: «житель гнезда» → «гнездовой» → «гнездуха». Вторая версия: прозвище по характеру или поведению. «Гнездиться» в переносном смысле означало «ютиться, тесниться, сидеть на месте». Гнездухой могли назвать человека домоседливого, нелюдимого, который «сидит в своём гнезде» и никуда не выходит. Или, наоборот, того, кто постоянно «вьёт гнездо» — обустраивает быт, копит добро, но делает это суетливо и мелочно.

География фамилии узкая. По данным открытых источников и архивных записей, Гнездухины встречаются преимущественно в центральных и южных регионах России — в Воронежской, Тамбовской, Липецкой областях, а также в Поволжье. Это говорит о том, что фамилия не была массовой и возникла в конкретной локальной среде, скорее всего, среди крестьянства. В дворянских родословных книгах она не числится.

Однокоренные фамилии — Гнездов, Гнездилов, Гнездюков — встречаются чаще, но Гнездухин стоит особняком именно из-за редкого форманта -ух(а). Если Гнездов — это просто «относящийся к гнезду» (возможно, от топонима Гнездово), то Гнездухин несёт в себе отчётливый отпечаток живого, разговорного прозвища. Ваш предок, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком, которого в своей среде прозвали за привычку к уединению или за особый, «гнездовой» образ жизни. Фамилия сохранила эту бытовую метку, не став «книжной» или искусственной.