Фамилия Гнилишин — редкий случай, когда исходное слово почти полностью стерлось в бытовом сознании, но легко восстанавливается через словообразовательную модель. Основа здесь — «гнил-», которая прямо указывает на прилагательное «гнилой», а суффикс «-ишин» — вариант притяжательного суффикса «-ин», характерный для северных и центральных русских говоров. Строго говоря, Гнилишин — это «чей-то сын» от человека по прозвищу Гнилиша. Форма «-иша» в прозвищах была уменьшительно-пренебрежительной или указывала на яркий признак: например, Гнилой человек, но Гнилиша — уже конкретная личность с таким качеством.

Прозвище Гнилиша могли дать по двум сценариям. Первый — внешность или характер: вялый, медлительный, вечно недовольный человек, которого в деревне сравнивали с гнилым плодом или бревном. Второй — профессиональная или бытовая привязка: крестьянин, живший на сырой, болотистой земле («гнилое место»), или тот, кто торговал порченым товаром. В словарях русских прозвищ XVI–XVII веков (например, у С. Веселовского) встречаются однокоренные «Гнилой», «Гнилозуб», что подтверждает: корень активно использовался для именования людей без привязки к болезни — скорее как меткая характеристика.

Суффикс «-ишин» встречается реже стандартного «-ин» или «-ов». Он отчетливо указывает на севернорусское или вятское происхождение фамилии. В архивах переписей XVIII века подобные окончания фиксировались в Архангельской, Вологодской и Пермской губерниях. То есть Гнилишины, скорее всего, вышли из Поморья или Северного Приуралья, где фамилии часто образовывали от уличных прозвищ с неприглядным смыслом — их не стеснялись, так как прозвище было рабочим идентификатором, а не оскорблением.

Ошибочно связывать фамилию напрямую с гниением или болезнями: в крестьянской среде «гнилой» нередко означало «слабый», «ненадежный» или «ленивый». В некоторых диалектах «гнилой» даже применялось к человеку с мягким, нерешительным характером. Поэтому предок-носитель прозвища Гнилиша мог быть вовсе не больным, а просто пассивным или медлительным работником.

Фамилия редкая: по открытым базам данных, в России сегодня живут несколько десятков носителей, в основном в центральных и северных областях. Никаких известных исторических фигур с такой фамилией не зафиксировано — это чисто народная, крестьянская фамилия, которая не попала в дворянские родословные книги. Известных носителей нет и в современной публичной сфере, что только подтверждает её локальный, бытовой характер.