Фамилия Гокчаев происходит от прозвища Гокчай. В основе прозвища — название озера Гокча (тюрк. «гёк-чай» — «синяя вода»). Так раньше называли самое большое озеро на Кавказе, известное также как Севан. Основатель рода мог жить на его берегу. По другой версии, прозвище связано с турецким gökçe — «небесный, голубой» или «красивый», и его могли дать голубоглазому человеку.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединили к тюркской основе. Такая модель типична для народов Кавказа и Закавказья, входивших в состав Российской империи: местное имя или прозвище оформляли по образцу русских фамилий. В Книге памяти Чеченской Республики упомянута Гокчаева Маржан, 1930 года рождения, — это подтверждает бытование фамилии в регионе.

Точное время возникновения фамилии установить сложно: процесс закрепления фамилий у разных народов шёл неравномерно. Но можно уверенно сказать, что корень у неё географический или описательный, а не от личного имени.