Фамилия Голайденко — яркий пример украинской модели фамилий, образованной по патронимическому типу. Она принадлежит к распространённой группе фамилий на -енко, характерных для Левобережной и Степной Украины. В основе лежит личное прозвище или имя Голайда, которое, скорее всего, происходит от прилагательного «голый» — в значении «бедный, неимущий», «лишённый растительности» (например, безбородый) или «открытый, ничем не прикрытый». В украинских говорах слово «голайда» могло означать не только бедняка, но и бродягу, оборванца. Таким образом, Голайденко — это «сын Голайды» или «потомок человека по прозвищу Голайда».

Суффикс -енко в украинской ономастике выполнял ту же роль, что и русские -ов/-ев или -ин: он указывал на родство, чаще всего по отцу. В XVI–XVII веках фамилии на -енко были маркером казацкого и мещанского сословий, но позже распространились на все слои населения. Голайденко — фамилия недворянская, народная, что типично для украинского юга.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Киевщине, а также к южным регионам России (Кубань, Ростовская область), куда украинские переселенцы массово мигрировали в XVIII–XIX веках. Встречается и вариант написания с одной «й» — Голаенко, но это редкая форма, возникшая из-за упрощения произношения.

Интересная деталь: прозвище Голайда могло быть не только уничижительным. В диалектах «голайда» иногда называли человека с открытым, простым нравом, без хитрости, то есть «голого» в переносном смысле — искреннего. Спорных версий происхождения у фамилии нет: корень прозрачен, а суффикс однозначно указывает на украинскую среду. Никакой связи с польской или еврейской традицией здесь не прослеживается — перед нами типичный пример восточнославянского именования по отцу.