Фамилия Голдышенко — яркий пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко, который в XVI–XVIII веках был едва ли не самым продуктивным способом создания «родовых прозвищ» на Левобережной и Слободской Украине. Формант -енко буквально означает «сын» или «потомок», так что носитель этой фамилии — «сын Голдыша».

Основа «Голдыш» неочевидна, и здесь стоит остановиться подробнее. Первое, что приходит на ум — связь с прилагательным «голый». В украинских говорах слово «голдыш» или «гольдыш» могло означать человека бедного, неимущего, «голытьбу». Такое прозвище давали тому, кто не имел ни земли, ни скота, либо же, в ироничном ключе, человеку с лысиной или бритому. Вторая версия, менее распространённая, но тоже возможная — диалектное «голда» (шум, гам, крик). Тогда Голдыш — крикливый, скандальный человек. Третья гипотеза выводит основу из тюркских языков, где «голды» может означать «пришёл» или «остался», что характерно для прозвищ, данных пришлым людям, но эта версия менее правдоподобна из-за отсутствия широкой тюркской топонимики в регионе бытования фамилии.

Географически фамилия Голдышенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины: Полтавщина, Черкащина, Сумщина, а также к югу России (Кубань, Ростовская область), куда украинские крестьяне активно переселялись в XVIII–XIX веках. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века эта фамилия встречается в основном среди казаков и государственных крестьян — то есть свободных, но небогатых сословий.

Интересно, что фамилия Голдышенко — одна из тех, где ударение плавает: в украинском варианте оно чаще падает на второй слог (Голды́шенко), а в русском — на первый (Го́лдышенко). Это типичный маркер адаптации фамилии в иноязычной среде. Сравните с однокоренными Голдышев, Голдыш, Голдышкин — все они образованы от того же прозвища, но с разными суффиксами, характерными для разных регионов. Голдышенко — самый «южный» вариант.