Фамилия Голенькова — женская форма от Голеньков, а в её основе лежит прозвище или нецерковное имя Голень. Слово «голень» в древнерусском языке означало нижнюю часть ноги — от колена до стопы. Прозвище могло достаться человеку с длинными, тонкими или, наоборот, заметно оголёнными ногами — например, тому, кто ходил босиком или подворачивал штанины выше обычного. В крестьянском быту прозвища по частям тела встречались часто: так отмечали характерную внешность, не вкладывая в неё обидного смысла.

Суффикс -ов в фамилии указывает на притяжательность: Голеньков буквально значит «сын (или потомок) Голеня». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, — она закрепилась в XVI–XVII веках, когда большинство крестьян и посадских людей получили наследственные фамилии. Форма Голенькова, с ударением на второй слог, встречается в основном в центральных и южнорусских областях, хотя точная география бытования не ограничена одним регионом.

Любопытно, что корень «голень» дал жизнь не только этой фамилии, но и однокоренным Голенев, Голенков, Голенцов. Разница в суффиксах отражает разные диалектные или словообразовательные варианты: -ев, -ов, -цов — все они указывают на принадлежность, но могли закрепиться в разных говорах. Фамилия Голенькова встречается реже, чем Голенкова, что может говорить о более позднем оформлении или о местном произношении с мягким «н».

Версия о связи с церковным именем или географическим названием маловероятна: ни святцы, ни топонимы не дают убедительной основы для «Голеня». Перед нами чистый пример прозвищной фамилии, где внешность предка стала его родовым знаком.