Фамилия Голибоков — редкий случай, когда прозвище почти полностью сохранилось в неизменном виде, лишь обрастая фамильным суффиксом. В её основе лежит прилагательное «голибокий» или наречие «голибоко». В русских говорах, особенно северных и сибирских, это слово означало «глубокий», «глубоко». Человек мог получить прозвище Голибок по разным причинам: либо жил у глубокого оврага или омута, либо сам отличался глубоким, вдумчивым умом, либо — что в крестьянской среде было понятнее всего — копал глубокие колодцы или ямы.

Словообразовательная модель проста: к основе Голибок- прибавлен патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Голибока). Таким образом, первый носитель фамилии — потомок человека по прозвищу Голибок. Фамилия недвусмысленно русская, образованная по самой массовой модели, но с нестандартной лексической основой.

Интересно, что в некоторых говорах «голибокий» могло звучать как «глубокий» с заменой начального «глу» на «голи» — явление, известное диалектологам. Поэтому фамилия Голибоков может быть однокоренной с более понятной Глубоков, но с местным фонетическим сдвигом. Встречаются также варианты написания через «а» — Галибоков, что связано с акающим произношением.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская. Дворянские роды с таким окончанием редки, а прозвище, указывающее на бытовую или ландшафтную особенность, типично для среды, где человека называли по месту жительства или занятию. Географически фамилия встречается рассеянно, без явного гнезда, что подтверждает её диалектное происхождение — носители разошлись из разных регионов, где бытовало слово «голибокий».