Фамилия Голиненко — типичный пример украинской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. Эта модель, означавшая «сын» или «потомок», была особенно распространена в Левобережной и Слободской Украине в XVII–XVIII веках. Основа фамилии — личное имя или прозвище Голина, которое само по себе требует разбора.

Голина — это производная форма от канонического имени Галактион (в просторечии часто сокращавшегося до Гала, Голя) или от имени Голиаф, которое изредка давали в крестьянской среде по библейскому персонажу. Однако более вероятно, что в основе лежит прозвище, связанное с прилагательным «голый» в значении «бедный, неимущий». В украинских говорах «голина» могло означать «бедняк», «голытьба», а также «открытое место, степь». Таким образом, Голиненко — это потомок человека по прозвищу Голина, то есть «сын бедняка» или «сын того, кто живет на голе (открытой местности)».

Фамилия встречается преимущественно на территории Украины, особенно в Полтавской, Сумской и Черниговской областях, что подтверждает ее восточноукраинское происхождение. В России носители Голиненко появились в результате миграций, но концентрация остается низкой. Есть и редкий вариант написания с одной «н» — Голиненко, но он грамматически менее корректен: суффикс -енко требует удвоения согласной основы.

Примечательно, что фамилия не имеет отношения к слову «глина» (глиняный), как иногда ошибочно полагают из-за созвучия. Этимологическая связь с «голый» — прямая и подтверждается параллельными фамилиями: Голый, Голик, Гольченко, Голинский. Все они образованы от одного корня, но с разными суффиксами, указывающими на родство или принадлежность.