Фамилия Голодушко образована от прозвища Голодуша. В старину так называли бедного человека, который часто оставался голодным. Однако у этого прозвища могла быть и противоположная, «охранительная» функция: родители нарекали ребёнка Голодушей, чтобы злые силы не позарились на сытого и богатого — считалось, что имя-оберег отведёт от него настоящую нужду.

В документах XV–XVI веков встречаются родственные прозвища: князь Андрей Александрович Тростенский-Оболенский в 1520 году упоминается как Голодный, а Андрей Васильевич Аничков в 1498 году — как Голодуша. Со временем прозвище закрепилось в качестве наследственного имени, а затем перешло в фамилию.

Модель образования типична для украинских и белорусских фамилий: суффикс -ко (в диалектном варианте -ушко) указывал на родство, то есть Голодушко буквально означало «сын Голодуши». Такие фамилии были распространены в среде крестьян и казаков — сословий, где прозвища часто заменяли официальные родовые имена. Географически фамилия чаще всего встречается в юго-западных областях бывшей Российской империи, особенно на территории современной Украины и в приграничных районах России.