Фамилия Голоденко — типичный пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, первоначально имел значение «маленький», «сын» или «потомок». Таким образом, Голоденко — это буквально «сын Голода» или «потомок того, кого прозвали Голодом».

В основе фамилии лежит прозвище Голод. Самое прямое объяснение — его давали бедному человеку, который часто голодал. Такое прозвище прямо указывало на социальное положение предка, его нужду. Однако существует и другая, более интересная версия: Голод могло быть не прозвищем, а «охранительным» мирским именем. В народной традиции родители намеренно давали ребёнку имя с негативным смыслом — Голод, Некрас, Нелюб — чтобы обмануть злых духов и уберечь дитя от бед. Считалось: назовёшь сына Голодом — он всегда будет сыт, потому что зло уже свершилось на имени и не тронет человека.

В исторических источниках встречаются родственные именования. Например, у С. Б. Веселовского в его труде по ономастике упоминается Голодный князь. Со временем прозвище Голод, закрепившись за родом, полностью вытеснило прежнее крестильное имя и перешло в фамилию. Украинский суффикс -енко добавил ей характерную форму, которая встречается преимущественно на территории современной Украины и в южных регионах России, куда переселялись казаки и крестьяне.