Фамилия Голоштенко звучит необычно, и это не случайно: её основа восходит к прозвищу, которое когда-то дали за внешность или манеру одеваться. В корне лежит украинское или южнорусское слово «голый» и «штаны» (в старой форме «штан» или «штаны»). Прямое значение прозвища Голоштен — «голоштанный», то есть человек, который ходит в рваных, коротких или без штанов. В переносном смысле так могли называть бедняка, оборванца или, наоборот, человека, не признающего условностей и щеголяющего в неподобающем виде.

Суффикс -енко — типичный украинский патронимический формант, означающий «сын» или «потомок». В XVII–XVIII веках такие фамилии массово закреплялись за казаками и крестьянами на Левобережной и Слободской Украине. Таким образом, Голоштенко — это «сын Голоштена», то есть потомок человека с прозвищем Голоштен. Фамилия однозначно указывает на украинское происхождение рода, скорее всего из Черниговской, Полтавской или Харьковской губерний, где такие «говорящие» прозвища были в ходу.

Интересно, что фамилия избежала типичной русификации через суффиксы -ов или -ев (как Голоштенов) и сохранила исходную украинскую форму. Это говорит о том, что носители фамилии долго оставались в среде, где украинская ономастическая традиция была сильна, и не переходили в великорусское дворянство или чиновничество. Встречаются редкие варианты написания — Голоштаненко, Голоштяненко, но форма Голоштенко наиболее устойчива.

Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, что типично для фамилий, произошедших от простонародных прозвищ. Это не фамилия князей или бояр, а метка, за которой стоит конкретный человек — возможно, небогатый казак или крестьянин, чья бедность или эксцентричность запомнились соседям. Сегодня фамилия встречается редко, в основном в Украине и в южных областях России, куда переселялись украинские крестьяне в XIX веке.