Фамилия Голованникова образована от прозвища Голованник. Так называли человека, отличавшегося либо большим размером головы, либо непревзойденной остротой ума. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Голованник, со временем получил фамилию Голованникова.