Фамилия Головчинер — редкий случай, когда суффикс не оставляет сомнений в происхождении, но заставляет задуматься о том, как и где она возникла. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев или -ин, здесь стоит суффикс -ер, типичный для ашкеназских еврейских фамилий. Вместе с корнем «Головчин-» это даёт значение «тот, кто из Головчина» или «головчинский уроженец». Головчин — название нескольких населённых пунктов, самый известный из которых — местечко в Могилёвской губернии (ныне Беларусь). Именно оттуда, скорее всего, и пошла фамилия: предок носителя был выходцем из этого местечка, и окружающие прозвали его по месту жительства.

Основа «Головчин» образована от названия поселения, которое, в свою очередь, восходит к личному имени или прозвищу Головка (уменьшительное от «голова»). В славянской традиции прозвища с корнем «голова» давали либо умному человеку, либо главе рода, либо тому, кто отличался большой головой. Однако в фамилии Головчинер эта цепочка уже вторична: она не описывает самого человека, а указывает на его географическое происхождение.

Интересно, что фамилия почти не встречается в России за пределами еврейских общин. Это типичный пример так называемых «топонимических» фамилий, которые в XIX веке массово присваивали еврейскому населению Российской империи по названиям местечек. Суффикс -ер в данном случае — калька с идиша или немецкого, где он означает принадлежность к месту. Поэтому сословно предки Головчинеров, скорее всего, были мещанами или ремесленниками из черты оседлости, а не дворянами или крестьянами.

В написании фамилии возможны варианты: Головчинер и Головчинер с ударением на последний слог (что типично для идиша). Встречается также форма Головчинер с буквой «ы» в корне, но она редка и, скорее всего, результат ошибки при записи. Если искать однокоренные фамилии, то ближайшие — Головин, Головкин — имеют совсем другую историю: они образованы напрямую от прозвища, без географической привязки.