Фамилия Головкина — женская форма от Головкин, а та, в свою очередь, пошла от прозвища Головка. В старину так могли назвать человека по двум противоположным причинам: либо из-за маленькой головы, либо из-за острого, «головитого» ума. В русских говорах слово «головка» имело и переносное значение — «умница», «предводитель», так что прозвище могло быть уважительным, а не только описательным.

В исторических документах встречаются и более «говорящие» однокоренные прозвища: Медвежья Голова, Мясная Голова, Толстая Голова. Они показывают, что прозвища с корнем «голов-» были распространены и разнообразны. Фамилия Головкина закрепилась по типичной для русских фамилий модели: к основе Головк- добавили суффикс принадлежности -ин, указывающий на «сына или дочь Головки». Со временем фамилия утратила прямую связь с прозвищем и стала наследственной.

Стоит заметить, что фамилия Головкин (и её женская форма) не связана со знатным графским родом Головкиных — те происходили от имени Головка как уменьшительной формы канонического имени Гавриил, но в народной среде прозвище чаще давали по внешности или характеру. Так что предки носительницы фамилии Головкина с высокой вероятностью были людьми, выделявшимися либо приметной внешностью, либо сметливостью.