Фамилия Головкина образована от прозвища Головка. В старину так называли человека, отличавшегося либо маленьким размером головы, либо непревзойденной остротой ума. В исторических источниках упоминается многие однокоренные прозвища, среди которых есть и такие: Медвежья Голова, Мясная Голова, Толстая Голова. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Головка, со временем получил фамилию Головкина.