Фамилия Головкины — одна из тех, где форма множественного числа (Головкины) указывает на родовую принадлежность, а единственное число (Головкин) — на конкретного предка. В основе лежит прозвище Головка. В старину «головой» называли человека либо с приметной, крупной головой, либо с выдающимся умом — слово ёмко сочетало и внешность, и характер. В источниках встречаются и более выразительные однокоренные прозвища вроде Медвежья Голова, Мясная Голова, Толстая Голова, что подтверждает: прозвища на «голову» были ходовыми и не всегда лестными.

Модель образования проста: суффикс -ин, типичный для русских фамилий, присоединялся к основе, оканчивающейся на -а/-я. Головка → Головкин — буквально «сын Головки». Такая схема характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще указывали на отчество от имени или прозвища на твёрдый согласный (Петр → Петров), Головкин — пример того, как прозвище с уменьшительным суффиксом -к- стало основой фамилии, сохранив бытовую, неофициальную форму.

Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно: процесс закрепления прозвищ длился веками, а Головкины могли появиться независимо в разных уездах. Однако фамилия эта не редкая, и её носители не обязательно родственники — просто прозвище было живучим. В дворянских родословных известны Головкины (например, граф Гавриил Иванович Головкин, сподвижник Петра I), но это не значит, что все Головкины ведут род от него: крестьянские и мещанские ветви могли возникнуть параллельно и независимо.

Сама фамилия — памятник не столько письменности, сколько живого языка, где меткое прозвище закреплялось на века, переходя из бытовой клички в официальный родовой знак.