Фамилия Головкова образована от прозвища Головка. В старину «головой» называли человека, который выделялся либо необычно крупной головой, либо незаурядным умом и сообразительностью. Исходное прозвище Головка — уменьшительная форма, которая могла относиться к младшему члену семьи или просто звучать более обиходно, чем прямое прозвище Голова.

В документах XV–XVII веков встречаются целые гнезда однокоренных прозвищ: Медвежья Голова, Мясная Голова, Толстая Голова. Они показывают, что основа «голова» была продуктивной в народной антропонимии и часто описывала внешность, характер или даже род занятий человека. Прозвище Головка стоит в этом ряду как более нейтральное и, вероятно, ласкательное.

Фамилия закрепилась с суффиксом -ов-, типичным для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на согласный. Форма Головкова — это женский вариант, но в быту фамилия склоняется по общему правилу: мужчина — Головков, женщина — Головкова.

Что интересно: эта фамилия почти не встречается в центральных великорусских губерниях, но довольно плотно представлена в южнорусских и поволжских регионах, особенно в бывшей Тамбовской и Рязанской губерниях. Это намекает на то, что фамилия могла возникнуть не в боярской или служилой среде, а среди крестьян и однодворцев, где прозвища передавались по наследству особенно устойчиво.

Таким образом, носитель фамилии Головкова — потомок человека, которого в своей среде прозвали Головкой, и это прозвище, скорее всего, относилось к его внешней примете или уму.