Фамилия Головкова образована от прозвища Головка. В старину головой называли человека, отличавшегося либо большим размером головы, либо непревзойденной остротой ума. В исторических источниках упоминается многие однокоренные прозвища, среди которых есть и такие: Медвежья Голова, Мясная Голова, Толстая Голова. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Головка, со временем получил фамилию Головкова.