Фамилия Голубикина — женская форма фамилии Голубикин, и её происхождение стоит искать не в голубях, а в лесных ягодах. Основа — слово «голубика». Казалось бы, всё прозрачно: предок мог жить сбором или продажей голубики, либо получить прозвище за любовь к этой ягоде. Но здесь есть тонкость: суффикс -ин указывает, что фамилия образована от существительного женского рода (в отличие от более частого -ов/-ев, который крепится к мужским основам). То есть исходное прозвище — «Голубика» — могло принадлежать именно женщине: матери, бабушке или хозяйке дома, которая чем-то запомнилась односельчанам. Такой тип фамилий (на -ин) в русской традиции встречается реже, чем патронимические на -ов, и часто выдаёт более древнюю или диалектную основу.

Слово «голубика» в русских говорах имеет и другое значение — так кое-где называли не только ягоду, но и синеватый цвет, синяк. Прозвище могли дать человеку с заметной родинкой, синевой под глазом или просто со смуглой кожей. В северных и центральных губерниях, где голубика растёт в изобилии, фамилия встречается чаще, но географически она не привязана к одному региону — её носители есть и в Архангельской, и в Вологодской, и в Московской областях.

Ударение в фамилии двоякое: на второй слог (Голуби́кина) — более распространённый вариант, соответствующий ударению в названии ягоды; на первый (Го́лубикина) — встречается реже, но тоже допустимо, особенно в диалектах, где «голу́бика» произносится с ударным первым «о».

Сравнение с однокоренными фамилиями — Голубев, Голубкин — показывает, что Голубикина стоит особняком. Голубев происходит от птицы «голубь», Голубкин — от уменьшительного имени Голубка (тоже от птицы или ласкового обращения). А Голубикина — единственная в этом ряду, чья основа — растение, а не животное. Это редкий случай в русском ономастиконе, когда фамилия «ягодная», а не «птичья».