Фамилия Голуков образована от прозвища или нецерковного имени Голук. В основе почти наверняка лежит прилагательное «голый» — в древнерусском языке слово «голук» могло означать «голый человек», «бедняк», «лысый» или «не имеющий имущества». Такие прозвища давали не в насмешку, а как констатацию внешности или социального положения. Фамилия строится по стандартной патронимической модели: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Голука).

Интересная деталь: суффикс -ук в основе встречается реже, чем привычные -к- или -ец-. В русских говорах, особенно северных и сибирских, форма «голук» могла быть вариантом слова «голык» (лысый человек, голец). Если копнуть глубже, в ономастическом словаре С. Б. Веселовского «Ономастикон» упоминаются прозвища Голый, Голуха, Голыга — все они родственны по смыслу. Голуков, таким образом, стоит в одном ряду с фамилиями Голубев, Голышев, Голыгин, но отличается именно редкой основой на -ук.

Географически фамилия Голуков встречается разрозненно, но заметна в документах по Вологодской и Архангельской губерниям — в областях, где были сильны старые севернорусские говоры. В переписных книгах XVII века можно найти крестьян и посадских людей с таким именованием, но массового распространения фамилия не получила. Это типичная фамилия человека из крестьянской или мещанской среды, которая закрепилась в одном-двух родах и не «размножилась» по всей России.

Есть и альтернативная версия: некоторые исследователи связывают основу с тюркским словом «голук» (рукав, часть одежды), но она выглядит натянутой — для русской фамилии без явных следов татарского влияния в ареале бытования такое объяснение маловероятно. Правдоподобнее держаться версии от «голый»: это и логичнее по словообразованию, и подтверждается параллельными фамилиями того же корня.