Фамилия Голюков — из числа тех, где корень ясен, а вот точное значение раздваивается. В её основе лежит слово «голь» или «голый», но в каком смысле это слово приклеилось к предку — вопрос открытый.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Голюк — сын Голюка. А сам Голюк — это, скорее всего, прозвище. Тут возможны два варианта, и оба бытовали в крестьянской среде. Первый — прямой: «голюк» (или «голыш») — бедняк, человек без имущества, голь перекатная. Второй — насмешливый: «голый» мог означать бритого, непокрытого, а в некоторых говорах — даже лысого или непутёвого человека. В любом случае, прозвище давали не по достатку, а по внешности или характеру, и оно легко переходило в фамилию.

У этой фамилии есть любопытная фонетическая особенность. В некоторых регионах, особенно на юге России и в Белоруссии, «г» произносится твёрдо, фрикативно, и фамилия могла звучать как «Голюко́в» с ударением на последнем слоге. В центральных и северных говорах ударение смещалось на второй слог — «Голю́ков». В современных справочниках закрепился вариант «Голюко́в», но в быту встречаются оба.

Фамилия не относится к числу распространённых. Она встречается в Воронежской, Ростовской областях, на Кубани и в восточных регионах Украины — то есть там, где исторически было много переселенцев и где прозвищные фамилии на -ук/-юк (Голюк, Голюченко) были обычным делом. Голюков — это уже русифицированная форма от украинского или белорусского прозвища Голюк.

Сравните с однокоренными: Голиков, Голышов, Голяков. Все они образованы от того же корня, но с разными суффиксами. Голюков стоит особняком: суффикс -юк выдаёт в нём западнорусское или малороссийское происхождение, а окончание -ов — более позднюю адаптацию под великорусскую фамильную норму. Так что предки Голюковых, скорее всего, пришли на русский север или восток с юго-запада, принеся с собой своё прозвище.