Фамилия Голуненко образована по украинской модели: суффикс -енко указывает на прямое родство, буквально «сын Голуна». Такие фамилии были особенно распространены на Левобережной Украине, где -енко стал главным показателем семейной принадлежности, вытеснив русские -ов/-ев. Это значит, что предок носителей фамилии носил прозвище Голун.

Разбираем основу. В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. И. Даля есть слово «галун» — золотая, серебряная или мишурная тесьма. От него, с закономерным чередованием а/о в безударной позиции, и пошло прозвище. Первая версия: Голун — «профессиональное» именование. Человек мог изготавливать такую тесьму, торговать ею или, будучи портным, нашивать галуны на одежду. Вторая версия держится на курском диалектном глаголе «галунить» — смачивать распущенными в воде квасцами для окраски. Тогда Голун — красильщик тканей.

Какая из версий правдоподобнее? Обе рабочие, но первая — шире. Тесьма-галун была ходовым товаром и деталью костюма, поэтому прозвище, данное по работе с ней, «читалось» быстрее и понятнее окружающим. Окраска тканей — ремесло более узкое и локальное, хотя и его нельзя сбрасывать со счетов.

Географически фамилия Голуненко тяготеет к южнорусским и украинским областям. Встречается в Курской, Белгородской, Ростовской областях и, конечно, на востоке Украины — в Сумской, Харьковской, Полтавской. Это соответствует обеим версиям происхождения: и торговля галуном, и красильное дело были распространены именно в этих регионах.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые закрепились в документах раньше, Голуненко — фамилия более позднего слоя, активно формировавшаяся в XVII–XVIII веках, когда украинская модель -енко перестала быть просто указанием на отца и превратилась в наследственную фамилию.