Фамилия Гондилова — редкий случай, где самый очевидный корень, скорее всего, ложный. Несмотря на созвучие со словом «гондола» (лодка или корзина воздушного шара), связь с ним маловероятна. Это иноязычное слово пришло в русский язык поздно, в XVIII–XIX веках, и просто не успело бы стать основой для фамилии в центральных губерниях России, где такие фамилии формировались раньше.

Куда вероятнее, что в основе лежит прозвище или мирское имя Гондила, которое могло произойти от глагола «гондить» — в северных и сибирских говорах это означало «медлить, мешкать, возиться». Человек, которого дразнили Гондилой, был нерасторопным, кропотливым или, наоборот, надоедливым, затягивающим дело. Суффикс -ил(а) в русских прозвищах типичен: ср. Мутила, Крутила, Воротила. От прозвища Гондила закономерно образовалась фамилия через патронимический суффикс -ов: Гондилов, а его женская форма — Гондилова.

Есть и вторая, менее распространённая версия: связь с диалектным словом «гондобить» — «копить, собирать, хлопотать по хозяйству». В этом случае Гондила — хозяйственный, запасливый человек, что даёт фамилии положительный оттенок. Выбрать одну из версий без знания конкретной географии бытования фамилии сложно, но обе они укладываются в модель прозвища по характеру или поведению.

Фамилия встречается нечасто, её очаги — в Вологодской, Кировской областях и на Урале, что косвенно подтверждает севернорусское происхождение и связь с местными говорами. Сословная принадлежность предков могла быть любой: от государственных крестьян до мещан, так как прозвищная модель не указывает на аристократическое происхождение. В написании возможны варианты через букву «а» (Гандилова), но они редки и, скорее всего, являются результатом аканья в устной речи, которое закрепилось в документах.