Фамилия Гонголев — одна из тех, чья этимология уходит корнями в огород, а точнее, в греческое название репы. В основе фамилии лежит прозвище Гонголь, которое, скорее всего, восходит к греческому слову «гонгили» — «круглая репа». Эта культура упоминается в «Путешествии Антиохийского патриарха Макария в Москву в ХVІІ веке». Описывая, что сажали в Московии, Макарий отмечает: «Девятый посев имеет синий цветок, плод его — черное зерно, которое примешивают к пшенице при печении: он придает хлебу сладкий вкус и белизну, по-валашски он называется лякина, а по-гречески гонгили (круглая репа)». Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Гонголевых выращивал эту культуру или торговал ею. Прозвище Гонголь закрепилось за человеком, чья жизнь была связана с этим овощем.

Словообразовательная модель проста: к основе Гонголь добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев, образующий фамилии от прозвищ, оканчивающихся на мягкий согласный. Таким образом, Гонголев — это «сын Гонголя», потомок человека по прозвищу Гонголь.

Заслуживает внимания и фонетический переход. В греческом слове «гонгили» звучит «и», а в русском прозвище — «о». Эта замена гласного «и» на «о» может объясняться особенностями украинского языка, где «i» во многих случаях при передаче на русский переходит в «о». Это намекает на возможные южнорусские или украинские корни фамилии, хотя окончание -ев скорее указывает на великорусскую среду бытования.

Фамилия редкая, в списках столбового дворянства или известных исторических родов она не значится. Скорее всего, Гонголевы — выходцы из крестьянской или посадской среды, люди, чьи предки занимались земледелием. Само прозвище Гонголь могло быть не только профессиональным, но и ироничным: так могли прозвать человека за круглую, «репчатую» форму головы или за плотное телосложение.