Фамилия Гоголев образована от нецерковного имени или прозвища Гоголь. Такие имена, данные в дополнение к крестильному, были распространены на Руси до XVII века. Самая прямая версия связывает прозвище с птицей — гоголем (лесной уткой). Однако, в отличие от других «птичьих» фамилий, здесь силён и переносный смысл.

Выражение «ходить гоголем» означало держаться важно, напыщенно, с показной гордостью. Следовательно, прозвище Гоголь мог получить человек спесивый, любивший покрасоваться, вести роскошный или праздный образ жизни. В этом случае фамилия указывает не на внешность, а на характер и манеру поведения родоначальника.

В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского зафиксированы ранние носители: Иов Гоголь, крестьянин (1495 год, Новгород), и Дмитрий Гоголев, прасол (1554 год, Двина). Прасол — скупщик скота или рыбы, человек торговый и небедный. Эта деталь косвенно подтверждает версию о прозвище, данном за «важную» походку или достаток: торговый люд часто одевался и держался заметнее крестьян.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Гоголя» или «из семьи Гоголя». Несмотря на известность фамилии благодаря писателю Николаю Васильевичу Гоголю, его собственная фамилия имеет малороссийское происхождение (от имени Гоголь в значении «селезень»), что не отменяет севернорусских корней однофамильцев, упомянутых в новгородских и двинских документах.