Фамилия Горапен — редкая и нестандартная для русского языка. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, которые указывают на принадлежность («чей сын?»). Основа Горапен- стоит в чистом виде, что сразу наводит на мысль о её нерусском происхождении или о том, что она была сильно искажена при записи.

Скорее всего, перед нами украинская или белорусская фамилия, образованная от прозвища. Корень «гора» здесь очевиден. В славянских языках прозвища по месту жительства давались просто: кто жил на горе — того звали Гора, Горец, Горап. Суффикс -ен встречается в украинских фамилиях (например, Гончаренко, Коваленко) и обозначает «маленький» или «сын». То есть Горапен — это «сын того, кто живёт на горе». Вероятно, изначальная форма была Горапенко, но при переезде в русскоязычную среду или при переписи окончание могли «съесть» или записать на слух как Горапен.

Другая, менее правдоподобная версия — что фамилия происходит от диалектного глагола «горапить» (торопиться, суетиться). В этом случае Горапен — человек суетливый, непоседливый. Но эта гипотеза слабая: такие глаголы редки и локальны, а корень «гор» в значении «возвышенность» встречается в сотнях фамилий.

Географически фамилия Горапен, если судить по редким упоминаниям, тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи — Черниговщине, Гомельщине, Волыни. Там холмистый рельеф и украинская модель фамилий на -ен(ко) — норма. В центральной России такая фамилия почти не встречается.

Сословно предки Горапенов, скорее всего, были крестьянами или казаками. Фамилии без дворянских суффиксов (-ский) и без привязки к поместью указывают на простое происхождение: прозвище дали соседи, а не писарь из приказа. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.