Мужское крестильное имя Гордий в переводе с греческого означает «царь». В основу фамилии легла производная форма имени — Гордей. Согласно другой гипотезе, фамилия Гордеенков образована от прозвища Гордей, в основу которого легло прилагательное «гордый». Со временем, вероятно, род Гордеенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов.