Фамилия Горденков — это «отчество второго порядка», то есть отчество от отчества. Схема такая: сначала было личное имя или прозвище Гордя (просторечная форма от Гордий), от него образовали отчество Горденко («сын Горди»), а уже от него — фамилию Горденков («внук Горди»). Такая трёхступенчатая модель типична для украинских и южнорусских фамилий на -енко, которые затем русифицировались суффиксом -ов.

Исходное имя Гордий восходит к греческому «царь». В святцах известен мученик Гордий, римский воин III века, казнённый за то, что открыто объявил себя христианином. День его памяти — 16 января. Именно от этого имени, а не от прилагательного «гордый», скорее всего, и пошла фамилия. Версия с прозвищем Гордый менее вероятна: в русской ономастике такие прозвища обычно давали за характер, но в случае с Горденковым словообразовательная цепочка указывает на имя Гордя как на основу.

Фамилия редкая, и её география, скорее всего, привязана к южнорусским областям и Украине, где суффикс -енко был основным способом образования отчеств. В XIX веке носители фамилии могли быть как крестьянами, так и мещанами — сословных ограничений у такой модели не было.