Фамилия Горденин образована от именования Горденя. Чаще всего это производная форма крестильного имени Гордий, которое пришло из греческого языка. Точное значение имени спорно: одни исследователи связывают его с «Горгием» (грозный, быстрый), другие — с легендарным фригийским царём Гордием, завязавшим тот самый узел. Покровитель имени — святой мученик Гордий, римский воин, обезглавленный за веру в III веке; его память чтят 16 января.

Но есть и вторая версия, которую не стоит сбрасывать со счетов. Горденя могло быть чисто славянским, мирским именем от прилагательного «гордый» — в смысле «обладающий чувством собственного достоинства». В древности такие имена давали в быту, чтобы не разглашать крестильное: считалось, что знание настоящего имени даёт власть над человеком и может быть использовано для порчи. Поэтому церковное имя знали только родные, а для всех остальных человек был Горденей.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?») — сын Гордени. Это характерный русский тип фамилий, особенно распространённый в северных и центральных регионах. По документам начала XX века фамилия встречается, например, в Киевской области (Горденин Александр Владимирович, 1886 г.р., местечко Триполье) и в Воронеже (Горденин Сергей Николаевич, 1875 г.р.). Такая география — от Малороссии до Черноземья — намекает, что фамилия могла бытовать в среде однодворцев или мещан, но сословная принадлежность конкретных ветвей остаётся за кадром.

Фамилия редкая: в отличие от массовых Гордеевых (от полной формы Гордей), вариант Горденин удерживает уменьшительно-бытовую основу, что делает её более «домашней» по происхождению.