Фамилия Гордузенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс, как правило, указывал на «сына» или «потомка»: Гордузенко буквально означает «сын Гордуза» или «потомок Гордуза». Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Гордуз.

Корень «горд-» здесь, скорее всего, восходит к украинскому «гордий» — гордый, надменный, спесивый. В украинских говорах слово «гордуз» могло означать гордеца, зазнайку, человека с высоким самомнением. Такие прозвища давали по яркой черте характера — не обязательно с отрицательным оттенком, часто с насмешкой или иронией. Встречается и вариант «гордун» с тем же значением.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с топонимом: в Украине есть село Гордузы (Черниговская область). В этом случае Гордузенко — указывает на выходца из этого села. Однако для фамилий на -енко более типично образование от личного прозвища, а не от названия места.

Географически фамилия Гордузенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — это зона массового бытования фамилий на -енко. Встречается она и в южных регионах России, куда переселялись украинцы в XVIII–XIX веках. Написание с буквой «з» (а не «с») — норма для украинской орфографии, где приставка «горд-» не оглушается.

В русском языке фамилия не склоняется по правилам украинских фамилий на -енко: «у Гордузенко», «с Гордузенко». В украинском — склоняется как существительное мужского рода второго склонения: «Гордузенка», «Гордузенкові».

Сословной принадлежности у фамилии не прослеживается: носители могли быть и казаками, и крестьянами, и мещанами. Фамилия не аристократическая, но и не редкая — встречается в разных слоях населения.