Фамилия Городенца — редкий случай, когда географическое название перешло в фамилию почти без изменений, сохранив форму родительного падежа. В основе лежит древнерусский топоним Городец или Городенц — так называли небольшое укреплённое поселение, городок. Форма «Городенца» буквально значит «из Городенца» или «человек из Городенца». Такие фамилии часто давали переселенцам, которые покинули родное место и осели в другой местности: их называли по прежнему месту жительства, и это прозвище закреплялось за потомками.

Особенность фамилии — окончание -а, которое указывает на родительный падеж. В русской ономастике это характерно для украинской или южнорусской традиции: сравните фамилии Луганца, Харьковца, Полтавца. То есть носитель фамилии Городенца, скорее всего, происходил из региона, где говорили на малороссийском наречии, или из пограничных земель, где смешивались русские и украинские говоры. Сам топоним Городенец известен в исторических документах: так назывался один из удельных городков на территории современной Беларуси или Смоленщины.

Суффикс -ец в основе (Городец → Городенец) — уменьшительно-притяжательный, он подчёркивал, что поселение невелико, но имеет укрепление. По модели фамилия Городенца — типичное прозвище «по месту выхода», которое со временем перестало быть описательным и закрепилось как родовое имя. В отличие от массовых фамилий на -ов и -ин, такая форма встречается редко, поэтому найти Городенцев в старых переписях непросто: они могли записываться как Городенцевы, если переписчик русифицировал окончание.

Версия о связи с личным именем (например, от прозвища Городеня) менее вероятна: для этого в основе должно было быть слово без топонимического оттенка. Словарь Б. Унбегауна относит подобные фамилии к группе «географических», образованных от названий городов и сёл. Таким образом, предок носителя фамилии Городенца — выходец из небольшого городка, который в документах или в устной речи называли Городенец, и это прозвище стало единственным указанием на его корни.