Фамилия Городишенина образована от прозвища Городишеня, которое, в свою очередь, является производной формой от прозвища Городиша. Ключевой корень здесь — «городище», то есть остатки древнего укреплённого поселения или вала. Человек, получивший такое прозвище, либо жил на месте бывшего городища, либо происходил из села с похожим названием.

В словообразовании фамилии интересен суффикс «-еня». Он характерен для западнорусских и белорусских говоров и часто придаёт прозвищу оттенок принадлежности или уменьшительности. В данном случае Городишеня — это буквально «тот, кто с городища» или «городищенский». Фамилия Городишенин — это уже отчество третьей ступени: сначала прозвище Городиша, от него — Городишеня (сын или человек Городиши), а затем — Городишенин (потомок Городишени).

География фамилии связана с регионами, где распространены топонимы «Городище». Таких названий десятки в России, Украине и Белоруссии, поэтому определить единственное место происхождения предка невозможно. Однако сама модель фамилии (на «-енин») указывает на то, что она могла закрепиться в северных или центральных областях России, где такие патронимы были особенно часты.

Фамилия Городишенина — редкий пример, когда в основе лежит не просто название поселения, а его археологический или исторический признак. Предок носителя фамилии, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком, чью связь с местом отметили соседи. Фамилия сохранила память не о родовом ремесле, а о ландшафте и древней истории той земли, где жил род.