Фамилия Городковский — это фамилия-топоним, образованная от названия населённого пункта, скорее всего, от села или деревни Городок, Городки или Городково. Таких названий на Руси множество: Городком называли небольшое укреплённое поселение, острог или просто огороженное место. Суффикс -ск- в фамилии указывает на принадлежность к местности: Городковский — «тот, кто родом из Городка». Это типичная модель для дворянских, шляхетских и духовных фамилий, которые фиксировали за человеком его географическое происхождение.

Менее вероятный, но возможный вариант — происхождение от прозвища Городок. Так могли называть человека, жившего в городе (в отличие от сельских жителей), либо того, кто построил себе дом с оградой, напоминающей маленькую крепость. Однако в этом случае фамилия, скорее всего, сложилась бы с суффиксом -ов, как Городков. Форма на -ский прочнее привязывает носителя к конкретной местности, а не к личному качеству.

Географически фамилия Городковский встречается в основном среди потомков жителей западных и южных регионов Российской империи — на Украине, в Белоруссии, в Смоленской и Брянской областях. Это объясняется тем, что суффикс -ский особенно характерен для польской и западнорусской ономастики, где им часто оформляли фамилии шляхтичей и мещан. В центральных же и северных губерниях России чаще встречается краткая форма Городков.

Интересно, что фамилия Городковский могла быть и семинарской. В духовных училищах будущим священникам нередко давали «благозвучные» фамилии, образованные от названий сёл, где служили их отцы. Если предок был священником в селе Городок, его сын при поступлении в семинарию мог получить фамилию Городковский, чтобы подчеркнуть место службы. Таким образом, за одним написанием могут стоять два разных социальных корня — дворянский и духовный, что делает эту фамилию особенно интересной для генеалогического поиска.