Фамилия Господникова — женская форма фамилии Господников, и её основа бросается в глаза: слово «господь». Но связь здесь не прямая, а через прозвище или профессию. Самая вероятная версия — фамилия образована от слова «господник». В некоторых русских говорах так называли человека, который жил в господском доме, служил у господина, барина. Это мог быть дворовый, управляющий, приказчик или просто крестьянин, приписанный к барской усадьбе. Суффикс -ник указывает на деятеля или того, кто связан с чем-то: «господник» — тот, кто при господе. Фамилии на -ов/-ев (Господников) типичны для центральной России и формировались в XVI–XVII веках, когда фамилии давали по роду занятий отца.

Менее распространённая версия — происхождение от мирского имени Господник. В древнерусской традиции могли дать имя, связанное с божественным, чтобы защитить ребёнка или подчеркнуть его особое положение. Но такая практика была редкой, и имя Господник не встречается в исторических источниках как распространённое. Поэтому версия с прозвищем по службе выглядит убедительнее.

Интересно, что фамилия Господникова — редкая, с ярко выраженной социальной окраской. В отличие от фамилий вроде Бояринов или Князев, которые могли указывать на происхождение от знатного рода, Господникова прямо говорит о зависимости, о человеке, который находился при господине, а не сам был им. Это сближает её с фамилиями типа Дворников, Приказчиков или Барских. Географически фамилия могла закрепиться в тех областях, где было развито помещичье землевладение, — в центральных и южных губерниях России.

В написании фамилии обращает на себя внимание ударение. В большинстве случаев оно падает на второй слог: Госпо́дникова. Но в устной речи возможны варианты, особенно если в основе лежит не слово «господь», а прозвище с другим ударением. Однако литературная норма тяготеет к ударению на «о» в корне.