Фамилия Господенко образована по распространённой в украинских и южнорусских землях модели: к основе добавляли суффикс -енко, который первоначально означал «маленький» или «сын такого-то». То есть Господенко — это буквально «сын Господина» или «потомок того, кого звали Господином».

Сама основа восходит к существительному «господин» — повелитель, начальник, владелец. Вопреки возможному предположению, что такая фамилия могла принадлежать знатному человеку, скорее всего, всё наоборот. На практике прозвище Господин часто давали не самому барину, а его слуге или крепостному крестьянину из имения, которое принадлежало настоящему господину. В крестьянской среде такое прозвище могло закрепиться за человеком, который работал в барском доме или был приближён к хозяину. Позже прозвище Господин, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах.

Не исключён и другой вариант: Господином могли прозвать гордого, властного человека, который держался с достоинством или любил командовать. В этом случае фамилия отражает не социальный статус, а характер предка.

Суффикс -енко особенно характерен для Левобережной Украины и земель бывшей Гетманщины. Это значит, что корни фамилии Господенко, вероятнее всего, стоит искать в Черниговской, Полтавской или Сумской областях, а также в прилегающих районах России. Фамилия не относится к числу древних боярских или дворянских родов — она возникла в среде крестьян и казаков, где прозвища на -енко как раз и были основным способом образования наследственных имён.