Фамилия Господынко образована от прозвища Господын, в основе которого лежит слово «господин» — «повелитель, начальник, владелец». Но здесь есть важная деталь: фамилия построена не по самой распространённой модели. Суффикс -ко типичен для украинской и белорусской ономастики, он указывает на принадлежность или уменьшительность. В этом случае Господынко означает не «сын господина», а скорее «принадлежащий господину» или «тот, кто служит у господина».

Получается, что носитель фамилии — не потомок вельможи, а, напротив, человек из низшего сословия. Скорее всего, это был слуга или крепостной крестьянин из имения, владельца которого в быту называли господином. Прозвище Господын закрепилось за таким человеком, чтобы отличать его от других крестьян: «чей ты?» — «господынов», то есть господский. Со временем прозвище стало наследственным, а суффикс -ко оформил его в фамилию.

Впрочем, возможна и другая версия. Прозвище Господын могли дать гордому, властному человеку, который вёл себя независимо или требовал к себе особого уважения. В крестьянской среде такое прозвище носило ироничный или предостерегающий оттенок — человека дразнили «господином» за его замашки.

Фамилия Господынко — редкая, её не встретишь в списках массовых русских фамилий. Она сохраняет след социального неравенства и особенностей быта, где обращение «господин» было маркером статуса, а не просто вежливой формой. Позже прозвище Господын, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах.