Фамилия Господынюк — редкий случай, когда в основе лежит слово, которое в современном русском языке почти не употребляется в бытовом значении. «Господыня» — это устаревшая форма обращения к женщине, хозяйке дома, владелице. В украинском и белорусском языках слово «господиня» (или «господыня» в старой орфографии) означает именно «хозяйка», «владелица», «госпожа». Таким образом, прозвище Господыня мог получить человек, который служил у знатной или зажиточной женщины, работал на её дворе, либо, что менее вероятно, сам был прозван за хозяйственность и властный нрав.

Суффикс -юк — типичный для западноукраинских и юго-западных белорусских фамилий. Он указывает на принадлежность или родство: Господынюк — это «сын Господыни» или «потомок того, кого звали Господыня». Такая модель образования фамилий (основа женского рода + патронимический суффикс) встречается реже, чем мужские основы, что добавляет фамилии особый оттенок: предок был назван не по отцу, а по матери, либо по прозвищу, данном через жену или хозяйку.

Географически фамилия Господынюк тяготеет к Волыни, Подолью и западу Беларуси. В польских метриках и документах XIX века можно встретить схожие варианты — Gospodyniuk, Gospodyniuc. В России фамилия почти не встречается, что подтверждает её локальное западнославянское происхождение. Интересно, что однокоренные фамилии Господыня, Господинов, Господин имеют ту же основу, но с разными суффиксами, и распространены шире.

Версия о происхождении от слова «господь» (Бог) маловероятна: слово «господыня» в народной речи не использовалось как обращение к Божией Матери или святой — для этого были другие формы. Поэтому связь с религией здесь искусственная. Наиболее правдоподобно, что Господынюк — фамилия, закрепившаяся за крестьянским или мещанским родом, где прозвище дали по роли в доме зажиточной вдовы или помещицы. Сословного статуса «господа» у носителей фамилии, скорее всего, не было: прозвище давали снизу, а не сверху.