Фамилия Гостюшкина образована от прозвища Гостюшка, которое напрямую связано с нарицательным «гость». В древнерусском языке это слово означало не просто посетителя, а прежде всего иноземного купца или торгового человека. Прозвище Гостюшка могли дать либо приезжему торговцу, либо хлебосольному хозяину, который часто принимал гостей, либо, наоборот, человеку, который сам любил ходить в гости. Форма имени на -юшка (Гостюшка) — ласкательная, уменьшительная, что характерно для прозвищ, закреплявшихся в быту за обычными людьми, а не за представителями знати.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе прозвища Гостюшк- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Гостюшки). Суффикс -ин, в отличие от -ов/-ев, чаще встречается в северных и центральных регионах России, а также в среде посадских людей и крестьянства. В ономастических трудах (в частности, у С. Б. Веселовского) зафиксированы родственные именования, подтверждающие бытование этого корня: Гостева (холопка, 1506 г., Муром), Андрей Гостенок (посадский человек, 1586 г., Псков), Семен Тимофеев Гостихин (пушкарь, 1659 г., Лебедянь). Форма «Гостенок» — ещё один вариант с уменьшительным суффиксом, а «Гостихин» образован от женского прозвища Гостиха, что говорит о разных ветвях одного гнезда.

Фамилия Гостюшкина — редкая по сравнению с однокоренными Гостевым или Гостиным. Эта редкость объясняется нестандартным суффиксом прозвища: если бы исходное имя звучало как «Гость» или «Гостя», мы бы получили Гостева, а Гостюшка — более камерный, почти домашний вариант, который мог закрепиться в конкретной местности или даже в одной семье. Потомок человека по прозвищу Гостюшка, скорее всего, принадлежал к крестьянскому или посадскому сословию — именно в этой среде уменьшительные прозвища чаще становились основой для фамилий.