Фамилия Говнотапкин — случай, когда основа сразу бросается в глаза, но её значение вовсе не очевидно. Корень «говн-» в русских прозвищах и фамилиях встречался чаще, чем можно подумать, и почти всегда не имел прямого отношения к физиологии. В старину «говном» называли не только нечистоты, но и осадок, отстой, грязь в переносном смысле — например, болотную жижу или плохой, низкокачественный товар. Второй корень, «тапк-», отсылает к слову «тапок» или «тапка» — домашняя туфля, мягкая обувь. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Говнотапкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Говнотапка.

Самая вероятная версия происхождения — профессиональное или бытовое прозвище. Говнотапкой могли назвать сапожника, который шил самую простую, грубую обувь — «говняные тапки», то есть дешёвые, неказистые, для чёрной работы. В крестьянской среде такое прозвище не было ругательством в современном смысле, а скорее меткой рода занятий. Другая версия, менее правдоподобная: прозвище дали нерадивому работнику, который «топтался в грязи» или ходил в грязной обуви. Но для фамилий типичнее привязка к ремеслу, а не к личному качеству.

Фамилия Говнотапкин — редкая, её нет в массовых справочниках вроде списков Унбегауна или Веселовского. Она относится к «говорящим» фамилиям, которые в XIX веке часто давали в среде однодворцев или государственных крестьян — там прозвища могли быть откровеннее, чем у дворян. Географически похожие фамилии (Говнов, Говняев) встречаются в центральных и южных губерниях России, особенно в Курской, Воронежской, Тамбовской. Говнотапкин, скорее всего, локальный вариант, привязанный к одному селу или волости.

Словообразовательная модель — «корень + корень + суффикс -ин» — типична для русских фамилий от прозвищ-композитов (сравните: Кривошеин, Сухоруков, Грязнов). Ударение, вероятно, падает на последний слог: Говнота́пкин, хотя в живой речи могли ставить на второй: Говнотапки́н. Вариантов написания в дореволюционных документах могло быть много: Говнотапкин, Говнатапкин, Гавнотапкин — из-за аканья и неграмотности писарей.

Поиск своих корней носителю фамилии стоит начинать с метрических книг и ревизских сказок по Тамбовской, Рязанской или Орловской губерниям — там выше шанс найти однодворческие фамилии с похожей «прямотой» основы. В любом случае, фамилия не оскорбительна по происхождению: она — след старого, грубоватого, но точного народного языка, где сапожника могли назвать по самой простой его продукции.